В соответствии постановления Правительства РК от 22.09.2020г. № 596 «О некоторых вопросах Министерства здравоохранения Республики Казахстан», республиканское государственное учреждение «Департамент контроля качества и безопасности товаров и услуг Восточно-Казахстанской области Комитета контроля качества и безопасности товаров и услуг МЗ РК РК» реорганизовано путем его разделения на РГУ «Департамент санитарно-эпидемиологического контроля ВКО КСЭ контроля МЗ РК РК» и РГУ «Департамент Комитета медицинского и фармацевтического контроля МЗ РК по Восточно-Казахстанской области».
РГУ «Департамент Комитета медицинского и фармацевтического контроля МЗ РК по Восточно-Казахстанской области» является территориальным подразделением Комитета медицинского и фармацевтического контроля МЗ РК.